1924年8月，廣州商團總長陳廉伯在英帝國主義支援下，乘孫中山北伐，在廣州發動武裝暴亂，縱火劫掠。黃飛鴻與其繼室十三姨莫桂蘭苦心經營數十年的寶芝林連同劉永福寫給他的牌匾和他唯一的照片亦毀于戰火。黃飛鴻經不起沉重打擊，因而憂鬱成疾，是年12月不治去世，終年78歲。黃飛鴻身後蕭條，貧無以殮，幸弟子鄧秀瓊為他料理後事，葬于白雲山麓。十三姨莫桂蘭在林世榮、鄧秀瓊的幫助下，偕黃飛鴻的兩名兒子移居香港設館授徒，傳授黃飛鴻遺技。1983年在香港去世。
父親：黃麒英，1886年染疾卒。
妻羅氏：1871年迎娶，婚後三月羅氏病卒。
妻馬氏：約1896年續娶，生二女、二子(漢林、漢森)，不久馬氏病卒。
妻岑氏：約1902年續娶，生二子(漢樞、漢熙)，不久岑氏病卒。
妾十三姨莫桂蘭：1915年續納。
