加爾文神學思想中最重要卻也是爭議最多的，就是有關預定論的主張。他一方面歸納出聖經清楚的記載 (Ⅲ.21.2-3,Ⅲ.22.1-7)，另一方面從他個人以及許多流亡受苦的基督徒身上深刻體會到，人實在算不得什麼，一切都在上帝奇妙的揀選與預定當中。
由於預定論牽涉到上帝絕對的主權，以及人到底要不要為自己的行為負責任的問題，有些人用上帝預知的觀點要來緩和預定論。加爾文並不贊同這種做法，他認為上帝真的是干預，而不僅僅是預知或許可而已 (Ⅲ.22.1、4、8,Ⅱ.4.3)。
不過預定論絕對不是宿命論或決定論，宿命論或決定論認為一個人被決定的命運仍然是可知、可問、可尋，可改的，而上帝預定什麼人得救卻是人完全無法知道的。根據預定論，我們不知道誰是上帝所揀選的人，所以應當更熱切地盼望人得救並分享福音。接受預定論並非不必傳福音。美國有名的佈道家懷特斐德(Whitefield) 和愛德華茲 (Edwards) 都是強烈的預定論者。其實要進一步探究預定論的內容，加爾文並不贊成，他認為追究預定論是深入上帝智慧的極隱密處，我們需要克制自己的好奇心，對於上帝預定的內容不能強求知，也不必羞於承認自己的無知 (Ⅲ.21.1-2)。
加爾文的這種看法，到底台灣基督長老教會的信徒瞭解多少？贊成嗎？在此次回收的問卷裡，有49.7% 的人認為長老教會的信徒對預定論的瞭解只是片面，47.2%的人說，信徒幾乎不瞭解預定論；換句話說，總共有 96.9%的受訪者回答，長老會的信徒對預定論根本不瞭解或者只是片面的瞭解，而認為信徒有足夠瞭解的只有3.1% (N= 290，題目見第 16 題，結果見圖 12-1)。
再問受訪者本身對預定論的看法(問卷第 19 題)，回答「非常贊成」及「贊成」的分別有4.4%、57.0%，合計 61.4%，回答「不贊成」及「非常不贊成」的分別有36.0%、2.6%，合計 38.6%(見圖 12-2)。換句話說，在本次回收的問卷中，贊成加爾文預定論的不到三分之二，而有三分之一強的傳教師並不贊成。這可能是信徒不瞭解預定論的主要原因吧，連傳教師本人都不贊成了，更談不上要向信徒詳細解說了。
究竟受訪者是瞭解了預定論而不能接受，或是只有片面瞭解而不能接受，從這次問卷結果無從得知。
究竟加爾文的預定論那一點最難令人接受？問卷中曾列出四點令受訪者自由圈選 (第15 題)，由於可複選，以下將分別予以分析：
1. 預定論的根據在於聖經的記載
在此次回收的問卷中，有 21.3% 的受訪者表示不能接受這一點 (N = 291，詳見圖 12-3)。不知道作此反應的人能否從聖經中找到不能接受的根據？加爾文在基督教要義裡用了整整一章的篇幅來討論預定論在聖經裡的證據(Ⅲ.22)，所提到的經文有以弗所書1:3-5、9，歌羅西書1:12，提摩太後書1:9、2:19，羅馬書9:6、11-13、15、18、11:2、35，使徒行傳2:23，彼得前書1:1-2、19-20，約翰福音1:12-13、6:37、39-40、44-46、10:4、26、29、13:18、15:16、19，17:9，出埃及記33:19，提多書1:1，以賽亞書8:16、53:1等等。
