每個人的心裡都蘊藏著一個理想中的自己。《守護蛋精靈》以這個想法為主，敘述每個孩子心中都有一顆「心靈之蛋」，裡面孕育著理想中的自己的可能性。

就讀聖夜學園小學五年級的主角日奈森亞夢是別人眼中的酷女孩，大家總是以又酷又火辣來形容亞夢。但事實上亞夢只是個不擅長表達和內向的普通女孩，卻受到外在形象的束縛無法表現出真正的自己。在亞夢的祈禱後，亞夢心中的心靈之蛋出現了。並且孕育出了亞夢理想中自己的縮影 ─ 守護甜心。

聖夜學園裡有一群名為「守護之星」的學生組織，他們是全校的偶像。這群風雲人物是由一群擁有守護甜心的學生組成，他們雖然看起來完美無瑕，但其實也想要變成理想中的自己，想要改變自己。發現亞夢擁有守護甜心之後，守護之星便邀請亞夢加入他們。原來，守護之星在尋找一顆能實現任何願望的魔法蛋「守護胚」。但同時，一個名為「EASTER」的集團也正在尋找守護胚；並且為了尋找它，不惜運用腐化人的心靈之蛋，讓人失去勇氣和信心，將人的心靈之蛋因為被主人自我放棄而成為「惡蛋」。

亞夢及守護之星們努力對抗著EASTER及幫助失去勇氣的人重拾信心，並且尋找著守護胚，過程中也漸漸找到了真實的自我……